Eine Besonderheit der Waldorfschulen ist der Epochenunterricht in den ersten zwei Schulstunden am Morgen, in denen in den Klassen eins bis acht der Klassenlehrer und in den Klassen neun bis zwölf der Fachleher den Unterricht in Epochen von mehreren Wochen pro Fach erteilt. So hat zum Beispiel eine Klasse vier Wochen lang jeden Morgen das Fach Chemie. Dadurch erhält der Unterricht mehr einen projekthaften Charakter und eine vertiefte intensive Auseinandersetzung mit dem Epochenstoff wird möglich. Am Nachmittag beschäftigt sich die Schülerin oder der Schüler in den Hausaufgaben noch einmal mit den Inhalten der Epoche und wenn dann der behandelte Stoff noch einmal überschlafen wird, kann das Thema am nächsten Morgen mit frischen Kräften vertieft und weitergeführt werden. So wird über einen begrenzten Zeitraum eine intensive Beschäftigung mit einem Thema möglich.
Im Hauptunterricht können wegen der angegebenen Vorteile und der günstigen Unterrichtszeit am frühen Morgen auch große Klassen unterrichtet werden. Im sich anschließenden Fachunterricht sind die Klassen dann zum größten Teil geteilt oder auch gedrittelt.